云斑鮰的幼鱼从外观上难以鉴别雌雄，当鱼体达到150 克以上并在生殖季节，可根据生殖孔、鱼体外形和体色进行鉴别。雄鱼的头部比雌鱼要宽、扁平，身体比雌鱼瘦，头部肌肉较发达。在产卵季节，雄鱼体色灰黑，雌鱼黄色或淡黄色，稍带灰色。外生殖器官：雌鱼的生殖孔与泌尿孔被瓣状皮肤分开，形成沟状，生殖孔通常微红膨胀，有粘液覆盖，用手将鱼的腹部上抬起可见外生殖器有跳动现象。雄鱼外生殖器肥厚，有乳头状突起。腹部：雄鱼较瘦而硬，雌鱼松软而膨胀。