中华鲟的整个生命周期中的食性变化目前尚不清楚，但在自然环境中，中华鲟幼鱼则是一种以动物性食物为主的杂食性鱼类。中华鲟幼鱼的食物种类，均属于沿岸带和亚岸带的底栖生物，并偶有浮游动物。
食物的种类，因其栖息地区的不同而有差异。如河口区幼爵的主要食物是近海的底栖鱼类，如舌鳎属、磷虾、蚬类等；此外也发现有植物类食物如黄丝藻和水生维管束植物碎屑。而在长江下游捕获的幼鲟，胃内含物以虾、蟹为主要成分，而黄丝藻和水生维管束植物则较少。
人海肥育的中华鲟食性目前尚不清楚，而参加生殖洄游的个体在繁殖前并不摄食，繁殖以后由于降海活动迅速，摄食活动也较少。

在人工养殖环境中，中华爵幼鲟一般以水蚯蚓为食，在池塘中则以各种底栖生物为食。目前中华鲟成体的养殖还较少，一般投喂冰冻的小鱼，成鲟可以较好的摄食。而人工配合饲料的应用也正逐渐推广开来。