中华鲟受精卵可采用多种方式进行孵化，以流水孵化效果较好。所适用的孵化设备包括尤申科孵化器、特制网箱、孵化环道、静水水簇箱，甚至解剖盘等，但以尤申科孵化器及特制网箱流水孵化的效率较高，效果最好。放卵密度依各种孵化设备及孵化方式的不同而有差异，应灵活掌握。一般采用尤申科孵化器及特制筛网式网箱进行流水孵化时，每平方米筛网面积可放卵8 ～ 12 万粒；用孵化环道进行孵化时，每立方水体可放卵约5 万粒。采用其它孵化方法应降低放卵数量，以保证受精卵胚胎发育时有充足的氧气供应和良好的水质条件。
中华鲟受精卵孵化持续时间较长，容易滋生水霉，应注意在孵化前对孵化器具进行消毒，孵化时每天用2 ～3 微升／升孔雀石绿溶液浸泡受精卵10 ～15 分钟，及时剔除坏卵和未受精卵。孵化期间应专人定时检查受精卵发育状况，调整水流，防止受精卵堆积，监测水质，保证水温在18 ～20 ℃ ，水体溶氧量维持在6 毫克／升以上。