一、外部形态特征

鱼个体显长体形，体高为全长的5.9%～16.6%。成熟个体全长通常为30～80cm，体重为0.15～5kg。个体最大的全长可达125cm，体重16kg。小体鲟头长为全长的14%～31%；吻长差异显著，吻长在不同水域变化幅度较大，约为头长的27%～64%。口前有4根圆柱形吻须，位于头部腹面，须上附有伞形纤毛；鳃耙数11-27。具有喷水孔，口小而横裂，但口裂不会裂至头的侧部。下唇中央断开，吻背有骨板。体表有5列骨板，背骨板11－18枚，侧骨板56－71枚，腹骨板10－20枚，体表骨板行之间有大量小骨板分布。背鳍不分枝，鳍条32－49；臀鳍不分枝，鳍条16－34(39)；腹鳍不分枝，鳍条25－45。小体鲟体色变化较大，背部常呈深灰褐色，腹部黄白色。

二、内部结构特性

骨骼大部分是软骨，有发达的脊索，脊索的前段有软骨性椎骨。头部的大部分是软骨，极少部分是膜内化骨构成的脑盒。肩带部具有锁骨和匙骨等膜成骨。脊索一直延伸到尾鳍上叶的终点。

鳔大，仅一室，与消化道相通。食道短，胃部膨大，有幽门囊，肠短，有发达的螺旋瓣。心脏还保留有动脉圆锥，有冠状窦，体壁动脉。肛门与泌尿生殖孔各向外开口。雄性的输精管经过中肾通尿殖管。雌性卵巢1对，位于腹腔两侧，呈细叶分支状，外覆以极薄的卵巢膜，卵巢通过卵巢膜与肾脏相连。成熟期，黑色的卵粒充满腹腔。输卵管1对，位于腹腔侧壁内。斜形的喇叭口开口于腹腔中部，另一端以很短的游离端及其开口套叠并终止于尿殖管中。游离的这一段称为内输卵管，因兼具输卵和输尿的功能，故名尿殖管。左右尿殖管在腹腔后端汇合成尿殖道，末端以尿殖孔与外界相通。成熟的卵，经喇叭口、输卵管、内输卵管、尿殖管、尿殖道和尿殖孔而排出体外。